Tại thời điểm khởi nghĩa, đảo nằm dưới quyền soát của Chính phủ Quân sự Lục quân Hoa Kỳ tại Triều Tiên. Chỉ một số lượng nhỏ người Mỹ hiện diện trên đảo.[1] Jimmie Leach đương thời là một đại úy trong Lục quân Hoa Kỳ, là một cố vấn cho Sở cảnh sát Hàn Quốc và tuyên bố rằng có sáu người Mỹ trên đảo, trong đó có bản thân ông ta, và rằng họ có thể ghé hai máy bay do thám L-4 và hai tàu quét thủy lôi cũ được cải hoán thành tàu tuần duyên, có phi hành đoàn là người Triều Tiên.[12] Hành động đàn áp tàn bạo các cuộc kháng nghị của cảnh sát và quân đội quốc gia dưới quyền kiểm soát của chính phủ Hoa Kỳ do James A. Casteel lãnh đạo, người chỉ huy lực lượng an ninh Jeju,[13] khiến hàng nghìn người thiệt mạng, phá hủy nhiều làng trên đảo, và có thêm các cuộc khởi nghĩa tại đại lục. Thay vì giải quyết nguyên nhân của vấn đề là cảnh sát khai hỏa vào dân thường, quân đội Hoa Kỳ triển khai đến Jeju nhanh chóng kết luận rằng đây là một cuộc khởi nghĩa cộng sản và tuyên bố Jeju là một "đảo đỏ".[14] Đến mùa xuân năm 1949, bốn tiểu đoàn Lục quân Hàn Quốc đến và tham gia cùng cảnh sát và hội viên Hội Thanh niên Tây Bắc đàn áp tàn nhẫn các cuộc kháng nghị. Liên quân nhanh chóng tiêu diệt hoặc vô hiệu hóa hầu kết các lực lượng phiến quân còn lại. Ngày 17 tháng 8 năm 1949, ban lãnh đạo của phong trào tan vỡ sau khi thủ lĩnh chủ chốt của phiến quân là Yi Tuk-ku bị hạ sát.[15] Quân đội Hoa Kỳ sau đó gọi việc phá hủy hoàn toàn làng Jungsangan - tai họa lớn nhất trong sự kiện - là một "chiến dịch thành công".[16]

Ủy ban Quốc gia về Điều tra sự thực sự kiện ngày 3 tháng 4 tại Jeju kết luận rằng Chính phủ Quân sự Lục quân Hoa Kỳ tại Triều Tiên và Tổ chức cố vấn quân sự Triều Tiên chịu trách nhiện về sự kiện do nó xảy ra dưới quyền cai quản của chính phủ quân sự và một thượng tá của Hoa Kỳ có trách nhiệm đối với lực lượng an ninh tại Jeju.[17] Sau khi Chiến tranh Triều Tiên bùng phát, Hoa Kỳ nắm quyền chỉ huy quân đội Hàn Quốc.[18] Chuẩn tướng William Lynn Roberts chỉ huy các binh sĩ Hoa Kỳ tại Jeju.[19][20]

Truyền thông Hoa Kỳ đưa ra tài liệu và công khai vụ tàn sát song quân đội Hoa Kỳ không can thiệp.[21] Ngày 13 tháng 5 năm 1949, Đại sứ Hoa Kỳ tại Hàn Quốc đánh điện đến Washington, D.C. rằng các phiến quân Jeju và các cảm tình viên của họ "bị giết, bị bắt, hoặc bị cải đạo."[1] Stars và Stripes tường thuật về sự đàn áp tàn bạo của quân đội Hàn Quốc đối với cuộc khởi nghĩa, địa phương ủng hộ phiến quân, cũng như phiến quân trả thù các đối thủ hữu khuynh địa phương.[22]